Philipp Degen kom til liðs við Liverpool á frjálsri sölu frá Borussia Dortmund sumarið 2008.
Hann byrjaði feril sinn í heimalandinu árið 1996 með FC Basel og spilaði hann sinn fyrsta leik fyrir félagið fimm árum síðar.
Hann spilaði fjögur tímabil með liðinu þar sem það vann þrjá deildartitla og bikarkeppnina einu sinni. Eitt tímabilið var hann reyndar lánaður til FC Aarau og þar spilaði hann með tvíburabróður sínum David, tímabilið 2002-2003.
Degen var svo keyptur til Borussia Dortmund þar sem hann spilaði 3 tímabil með liðinu. Hann lék alls 68 leiki og skoraði eitt mark með þýska félaginu. Tímabilið 2007-2008 var hann mikið meiddur og spilaði lítið. Hann var þó valinn í svissneska landsliðið sem tók þátt í Evrópumóti landsliða en þar kom hann ekkert við sögu og Svisslendingar komust ekki uppúr sínum riðli.